Το 2018, στο πλαίσιο του προγράμματος «Δημιουργία Ψηφιακού Μουσείου Ακρόπολης» του Π.Ε.Π «Αττική 2014 - 2020», πραγματοποιήθηκε ψηφιοποίηση (σάρωση) του αρχειακού υλικού των συλλογών του Μουσείου. Η ψηφιοποίηση αφορούσε σε ημερολόγια ανασκαφής, σε ανασκαφικές φωτογραφίες και σε δελτία καταγραφής κινητών ευρημάτων.

Με τον τρόπο αυτό το Μουσείο απέκτησε ένα υψηλών προδιαγραφών αποθετήριο που διασφαλίζει τη μακροχρόνια διατήρηση και την αποτελεσματική διαχείριση του αρχειακού υλικού. Συγκεκριμένα ψηφιοποιήθηκαν 496 ημερολόγια ανασκαφής, 110.000 φωτογραφίες, 18.410 δελτία καταγραφής και 7.500 δελτία συντήρησης κινητών ευρημάτων.